W Zakładzie Immunologii Warszawskiego Uniwersytetu Medycznego, pod kierownictwem prof. dr. hab. Jakuba Gołąba, w ramach zespołu badawczego dr. Radosława Zagożdżona, powstała nowa pracownia dedykowana obszarowi obrazowania cyfrowego.
Obrazowanie cyfrowe jest dziedziną, której rozwój nabiera tempa. Moce obliczeniowe współczesnych komputerów pozwalają na zautomatyzowanie lub przyspieszenie wielu analiz histopatologicznych. Wpisując się w ten nowy trend, na Warszawskim Uniwersytecie Medycznym stworzono pracownię mającą na celu integrację badań przeprowadzanych w pracowniach klasycznej patologii z nowatorskimi rozwiązaniami bioinformatycznymi.
Centralnym elementem pracowni jest skaner preparatów mikroskopowych zakupiony w ramach finansowania z Narodowego Centrum Nauki. Urządzenie umożliwia zautomatyzowane skanowanie preparatów mikroskopowych przy zachowaniu bardzo wysokiej rozdzielczości. Jest to możliwe dzięki wbudowanym w sprzęt zaawansowanym mechanizmom automatycznego ustawiania ostrości, a także obiektywom, które pozwalają na skanowanie z rozdzielczością dochodzącą do 0,1 mikrona na piksel wynikowego obrazu. Urządzenie wyposażone jest w rejestrator o dużej dynamice barw co, w połączeniu z obiektywami z korekcją aberracji chromatycznej, pozwala na analizę złożonych barwień immunohistochemicznych. Skaner, oprócz obrazowania w jasnym polu, umożliwia także zautomatyzowane obrazowanie fluorescencyjne, z wykorzystaniem czterech fluoroforów jednocześnie. Urządzenie wykorzystuje w oświetlaczach półprzewodnikowe źródła światła, co gwarantuje wysoką i powtarzalną jakość skanowania.
 |
 |
| Fragment skanu obrazowania fluorescencyjnego (trzy fluorochromy), uzyskanego w Pracowni Obrazowania Cyfrowego WUM. Kliknij na obrazek aby powiększyć. | Fragment skanu obrazowania w jasnym polu (hematoksylina oraz podwójne barwienie immunohistochemiczne), uzyskanego w Pracowni Obrazowania Cyfrowego WUM. Kliknij na obrazek aby powiększyć. |
Ważnym elementem kompletnego rozwiązania systemu cyfrowej patologii jest odpowiednio wydajna infrastruktura IT. Warszawski Uniwersytet Medyczny dysponuje zapleczem pozwalającym na transfer, składowanie i przetwarzanie plików graficznych gigapikselowej rozdzielczości, które powstają w procesie skanowania preparatów. Wysokoprzepustowa sieć komputerowa, w połączeniu z serwerownią stworzoną w ramach finansowanego przez Siódmy Program Ramowy Unii Europejskiej projektu BASTION (www.bastion.wum.edu.pl), stanowią wydajną platformę działającą na potrzeby stworzonej pracowni.
Dzięki posiadanemu zapleczu, zatrudnieni w projekcie BASTION badacze zyskali możliwość przeprowadzania badań w zakresie jeszcze niedawno nieosiągalnym. System umożliwia m.in. równoczasową analizę wybarwienia preparatów na całym ich obszarze, co przy zastosowaniu klasycznego mikroskopu z kamerą jest w praktyce niewykonalne.
Poza umożliwieniem przeprowadzania ukierunkowanych analiz histochemicznych na dużą skalę, system znajdzie także zastosowanie jako platforma do cyfrowej archiwizacji preparatów. Jednym z pierwszych zastosowań tego typu rozwiązań w praktyce klinicznej była właśnie archiwizacja i udostępnianie cyfrowych wersji preparatów. Dzięki temu możliwe stało się przeprowadzanie konsultacji pomiędzy patologami znajdującymi się w różnych częściach świata, a dyskutującymi ten sam, trudny diagnostycznie, preparat. Możliwości w zakresie archiwizacji i udostępniania skanów znajdują także coraz szersze zastosowanie w edukacji.
Stworzona w Zakładzie Immunologii Warszawskiego Uniwersytetu Medycznego Pracownia Obrazowania Cyfrowego stanowi jedno z unikalnych w skali kraju miejsc, które nie tylko dysponują odpowiednim zapleczem sprzętowym, programowym oraz teletechnicznym, ale przede wszystkim skupia specjalistów, którzy jako jedni z pierwszych w kraju będą prowadzić badania nad komputerowym wspomaganiem badań w obszarze patologii.
Pracownia otwarta jest na propozycje współpracy z ośrodkami badawczymi oraz instytucjami medycznymi.
.
Kontakt:
.
.
.
Więcej na temat badań realizowanych przez zespół dr Zagożdzona.